A missão do Museu Botânico é "promover é realizar exposições e outras atividades de divulgação científica, ressaltando o papel da Ciência Botânica e dos jardins botânicos na conservação da diversidade biológica".

Uma vez revitalizado, o espaço abrigará atividades destinadas à apropriação pública de conhecimentos relacionados às áreas de atuação da instituição. Através de experiências concretas e lúdicas, estímulo à investigação, recurso à intertividade e uso de linguagem acessível ao maior número possível de pessoas, buscará fornecer os meios, ferramentas e conhecimentos básicos para o pensar e o fazer científico.

Entre seus objetivos está, ainda, o de despertar ou aumentar o interesse pela Ciência Botânica, sensibilizando quanto à sua relevância, estimulando vocações na área, favorecendo a educação permanente e evidenciando, para a sociedade, a contribuição social, cultural e econômica da atividade científica.

As exposições a serem realizadas no novo espaço serão concentradas em três linhas básicas:

1- Ciência Botânica

2- O Jardim Botânico do Rio de Janeiro: História, Patrimônio e Coleções

3- Meio Ambiente: Ecossistemas, Ecologia, Unidades de Conservação, etc.