O Engenho de Nossa Sra. da Conceição da Lagoa foi construído em fins do século XVI e desapropriado por d. João VI em 1808. A sede da propriedade foi residência do intendente da fábrica de pólvora, Gal. Carlos Antonio Napion, após sua ampliação e reforma.
A construção serviu de residência de alguns diretores do Jardim Botânico- como Barbosa Rodrigues - e, posteriormente, a famílias de servidores, até 1981. Abrigou também o Setor de Proteção Florestal do Parque Florístico e o Herbário Bradearum.
No período de 1990 a 1993, o JBRJ/IBAMA firmou um convênio com a Fundação Banco do Brasil para a realização da restauração do prédio. A partir de prospecções arqueológicas e estudos arquitetônicos, devolveu-se à construção, seu aspecto original.
Hoje o prédio abriga o Centro de Visitantes.
