Os principais objetivos do Programa Orquídea encontram-se distribuídos em duas fases cronologicamente dependentes:

O Programa teve início em 1996 quando foi feita a restauração da estufa de vidro pelo Ministério do Meio Ambiente - MMA . A reinauguração da estufa se deu em 4 de abril de 1997, com a reformulação do paisagismo, tanto da estufa como de toda a área adjacente. Com o lançamento da campanha "ADOTE O JARDIM E ENTRE PARA A HISTÓRIA", o Orquidário foi adotado pelo JOALHEIRO ANTÔNIO BERNARDO, que vem assumindo , desde setembro de 1996, a responsabilidade pela recuperação e manutenção da coleção de orquídeas, para o que contratou o Dr. Antônio Toscano de Brito, PhD em Sistemática de Orquídeas como coordenador científico, a bióloga Marta Moraes e dois jardineiros. Nestes dois anos, além da restauração e ampliação da estrutura física do Orquidário, foi recuperada e
identificada a coleção de orquídeas, que pode agora ser apreciada pelas mais de trezentas mil pessoas que visitam o Jardim Botânico anualmente.

A adoção do Orquidário pelo JOALHEIRO ANTÔNIO BERNARDO foi renovada por mais dois anos, possibilitando a continuidade do Programa Orquídea. A segunda fase visa ao aumento da coleção de orquídeas através do intercâmbio com instituições científicas e colecionadores.
Ainda com este intuito, expedições científicas a diversos ecossistemas deverão ser realizadas. Todo o acervo de plantas do orquidário está catalogado e informatizado. Um banco de dados está sendo elaborado para fornecer ao público informações sobre as orquídeas. Terá início, no próximo ano, a reprodução de espécies nativas em laboratório, trabalho a ser realizado em colaboração com o Orquidário Quinta do Lago, em Itaipava. A Exposição Anual de Orquídeas que vem sendo realizada no mês de junho, será mantida nesta segunda fase do programa.